細胞凋亡現象的標記主要表現在以下兩個方面——形態學變化的特征和細胞內生化和細胞學的應答反應。

①細胞凋亡現象以一系列*的形態學變化定義。

*步明顯的變化是細胞收縮及核染色質凝集。然后，伴隨著核的裂解形成大量核膜包被的泡狀的凋亡體，隨后凋亡體被吞噬泡(phagophore)吞噬形成自噬體囊泡。自噬體囊泡外膜與液泡膜融合，自噬體囊泡的內容物以單層膜結構的吞噬小體形式進入液泡的內腔。

隨后，吞噬小體及其內容物被液泡內的水解酶降解。整個過程終止于凋亡體在內的分解及細胞組分的再循環。

值得注意的是，盡管細胞凋亡和壞死的機制及形態特征不同，但它們之間存在很多相似處，通常情況下很難以常規的顯微鏡檢將兩者區分開來。

②細胞凋亡的鑒定不能僅依賴于細胞形態學特征，還需額外的凋亡特異性標記物的存在。

凋亡細胞主要的生化及細胞學應答反應包括活性氧簇(reactive oxygen specv，ROS)的大量積聚，半胱天冬酶(caspase)的活化，DNA被特殊的內切酶裂解及細胞脂質層中向內構象的磷脂酰發生外翻。

這些變化可被一系列直接或間接的方法檢測。但是，必須綜合考慮相關優勢和劣勢來選擇不同的檢測方法。并不是所有的方式都適用于所有的狀況。